Provavelmente, o caso mais famoso de atrito entre um pensador e a Igreja Católica é o de Galileu Galilei, mas historiadores e cientistas modernos vêem o caso de Galileu como algo mais complexo do que apenas um confronto entre ciência e religião. Galileu era um grande físico e astrônomo de Pisa, e um dos mais importantes personagens da Revolução Científica.
À época, o modelo cosmológico mais aceite e proclamado pela Igreja e pelo mundo medieval era o de Ptolomeu, que afirmava que a Terra era o centro do universo e os astros a orbitavam. Porém, quase um século antes de Galileu, o cónego Nicolau Copérnico (1473-1543) propõe a teoria heliocêntrica, segundo a qual a Terra, na verdade, gira à volta do Sol, e não o contrário. Naquela altura, as discussões cosmológicas eram favorecidas por certos membros importantes da Igreja, que ficaram positivamente impressionados pelo heliocentrismo e insistiram que essas idéias fossem melhor desenvolvidas. O próprio Cardeal Bellarmino, uma figura importante da Cúria Romana, defendeu a possibilidade da reinterpretação da Bíblia, caso o heliocentrismo fosse provado como cientificamente verdadeiro.
As experiências de Galileu levam-no a defender a veracidade do heliocentrismo, apesar das suas provas experimentais e teóricas não serem totalmente conclusivas. Porém, Galileu foi demasiado longe na sua defesa do heliocentrismo: ele chegou a reinterpretar e usar várias passagens bíblicas para defender o heliocentrismo. Naquela época, a Igreja Católica, opondo-se ao protestantismo, defende que a interpretação da Bíblia era um trabalho exclusivamente reservado para os teólogos, sendo estes supervisionados pelo Santo Ofício.
A princípio, a Igreja Católica não é contra o heliocentrismo, mas em 1615 o Tribunal do Santo Ofício declara o heliocentrismo herético e a teoria de que a Terra se move "teologicamente errada". Esta condenação do Santo Ofício mostra que a discussão em torno do heliocentrismo, que deveria ser de caráter científico e filosófico, passou a incluir a exegese bíblica e a teologia. O principal livro de Copérnico entra para o index e é proibida a defesa da validade física (mas não da hipótese matemática) do heliocentrismo. Galileu, porém, não se restringe a trabalhar sobre a hipótese, mas defende que a Terra orbita o Sol. Como conseqüência, é proibido de expressar suas opiniões em relação ao heliocentrismo.
Em 1623, Urbano VIII, amigo de Galileu, torna-se o novo Papa. Na década seguinte, concede a Galileu a oportunidade de escrever um livro dissertando sobre as duas teorias, dando-lhe uma oportunidade de defender o heliocentrismo como uma hipótese. Galileu escreve, então, seu Diálogo sobre os dois grandes sistemas do mundo. O caráter ácido do livro e alguns mal-entendidos levam o Papa a crer que Galileu aproveitou-se da oportunidade para ofendê-lo. A Inquisição, então, julga e condena Galileu a abjurar publicamente suas opiniões. Ademais, Galileu é condenado a prisão domiciliar por tempo indeterminado (durante a qual faleceu) e seus livros são postos no Index Librorum Prohibitorum. Apesar disso, pôde continuar a trabalhar em outros estudos científicos que não estavam relacionados com a defesa da veracidade do heliocentrismo.
Porém, com a diminuição das tensões e dos conflitos marcados pela Reforma protestante, a Igreja Católica revê a sua posição quanto à teoria de Copérnico e Galileu. Em 1758, a Igreja retirou as obras heliocêntricas do Index Librorum Prohibitorum. Em 1979, o Papa João Paulo II lamentou os sofrimentos de Galileu causados por católicos e organismos eclesiásticos e defendeu, mais uma vez, que as duas verdades, de fé e de ciência, não podem nunca contradizer-se, acabando por citar também uma afirmação do próprio Galileu: "procedendo igualmente do verbo divino, a escritura santa e a natureza, a primeira como ditada pelo Espírito Santo, a segunda como executora fidelíssima das ordens de Deus." No ano 2000, o Papa João Paulo II emitiu finalmente um pedido formal de desculpas por todos os erros cometidos por alguns católicos nos últimos 2.000 anos de história da Igreja Católica, incluindo o julgamento de Galileu Galilei pela Inquisição.
Apesar de todas as circunstâncias e acontecimentos atenuantes (marcadas pelo espírito e pela mentalidade do século XVII, que são muito diferentes aos de hoje), a condenação de Galileu pela Igreja é lamentável e condenável, como reconheceu o Papa João Paulo II. Hoje, não pairam dúvidas sobre o fato de que a Terra orbita à volta do Sol, e, por isso, a história de Galileu tornou-se um exemplo recorrente de um livre pensador em confronto com uma organização religiosa - no caso, a Igreja Católica.
(SCHWARTZ, Joseph. O momento criativo: Mito e alienação na ciência moderna. São Paulo: Best Seller/Círculo do Livro, 1992. 1 vol. vol. 1.)
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